Справочник по формату
Просмотрщик NIfTI для iPhone и iPad: открывайте файлы .nii и .nii.gz
Ossidex открывает однофайловые объёмы NIfTI-1 и NIfTI-2 (.nii и сжатые gzip-файлы .nii.gz) на iPhone и iPad. Просматривайте МРТ и другие скалярные объёмы в 2D, MPR и 3D, выбирайте временные точки в совместимых файлах 4D, а также изучайте карты меток и непрерывные наложения на плоскостях 2D/MPR. Приложение использует сохранённое пространственное преобразование; сетки со сдвигом пересэмплируются при импорте. Эти инструменты для NIfTI доступны в приложении, но не в браузерном просмотрщике.
Что такое NIfTI
NIfTI (Neuroimaging Informatics Technology Initiative) — исследовательский формат объёмных данных, широко используемый в нейровизуализации и конвейерах машинного обучения (например, для результатов сегментации). В отличие от DICOM, один файл .nii содержит весь объём и компактный заголовок с размером вокселя и ориентацией, но почти не содержит сведений о пациенте или сканере.
Поддерживаемые функции
| Функция | Статус |
|---|---|
| Однофайловые NIfTI-1 и NIfTI-2 .nii / .nii.gz | Да |
| Ориентация по sform/qform | Применяется; сетки со сдвигом пересэмплируются |
| Скалярные временные ряды 4D | Выбор кадра и график значений вокселя у перекрестия |
| Карты меток / маски | Точные целочисленные идентификаторы 0–4095; видимость отдельных сегментов |
| Непрерывные наложения с плавающей точкой | Цветовые карты, непрозрачность и пороговые значения |
| Размещение наложений | До двух выбранных слоёв на плоскостях 2D/MPR; источники должны быть предварительно выровнены в пространстве |
Как открыть файл NIfTI
- Сохраните файл. Поместите файл .nii или .nii.gz (и все файлы масок) в приложение «Файлы» или поделитесь ссылкой.
- Импорт. В Ossidex нажмите + → «Файлы» и выберите файлы.
- Просмотр. Откройте объём, при необходимости выберите временную точку и добавьте совместимую выровненную маску или карту на панели слоёв.
NIfTI и DICOM: краткое сравнение
| DICOM | NIfTI-1 / NIfTI-2 | |
|---|---|---|
| Типичное применение | Клиническая визуализация и архивирование | Исследования, анализ, конвейеры ИИ |
| Файлов на объём | Часто по одному на срез | Один файл (.nii или .nii.gz) |
| Метаданные пациента и исследования | Подробные | Минимальные |
| Ориентация | Теги положения/ориентации каждого изображения | Матрицы qform/sform |
| Сегментация | DICOM SEG, RTSTRUCT | Объёмные карты меток |
Просмотрщики NIfTI для разных платформ
| Просмотрщик | Платформа | Цена | Для чего подходит |
|---|---|---|---|
| MRIcroGL | Windows, macOS, Linux | Бесплатно | Быстрый просмотр и визуализация исследовательских объёмов |
| ITK-SNAP | Windows, macOS, Linux | Бесплатно, открытый исходный код | Ручная и полуавтоматическая сегментация |
| 3D Slicer | Windows, macOS, Linux | Бесплатно, открытый исходный код | Сегментация, регистрация и анализ |
| FSLeyes | macOS, Linux (в составе FSL) | Бесплатно для некоммерческого использования | Результаты нейровизуализационного анализа |
| NiiVue / Papaya | Веб-браузер | Бесплатно, открытый исходный код | Просмотр в браузере без установки |
| Ossidex | iPhone, iPad | Бесплатная загрузка; для MPR и 3D требуется Pro | Просмотр объёмов и масок на телефоне или планшете |
Для анализа по-прежнему лучше подходят настольные исследовательские инструменты; Ossidex позволяет просматривать объём или сегментацию без компьютера.
Пошаговое открытие NIfTI на iPad
- Соберите файлы. Поместите объём изображения и файлы масок в одну папку в приложении «Файлы» или заархивируйте их.
- Импортируйте папку. В Ossidex нажмите + → «Файлы» и выберите папку или ZIP-архив.
- Выберите слой. На панели слоёв выберите маску или непрерывную карту и убедитесь, что они выровнены в пространстве. Включайте и выключайте сегменты или изменяйте непрозрачность и пороговые значения карты.
Типичные источники файлов NIfTI
| Источник | Пример |
|---|---|
| Нейровизуализационные исследования | МРТ головного мозга, преобразованная из DICOM с помощью dcm2niix |
| Инструменты сегментации | Карты меток из 3D Slicer, ITK-SNAP или nnU-Net |
| Открытые наборы данных | Наборы данных для соревнований и открытые исследовательские коллекции |
| Конвейеры ИИ | Результаты моделей, сохранённые в виде масок рядом с исходным объёмом |
Маски и непрерывные карты в виде слоёв
Импортируйте объём изображения вместе с уже выровненной маской или картой. В слоях меток сохраняются точные целочисленные идентификаторы от 0 до 4095; фон с идентификатором 0 прозрачен, а видимость отдельных сегментов можно настраивать. Для непрерывных карт доступны настройки цвета, непрозрачности и пороговых значений. На плоскостях 2D/MPR можно выбрать до двух слоёв; слои не отображаются в режиме slab/MIP или при визуализации объёма. Ossidex не выполняет автоматическую регистрацию или сегментацию.
Временные ряды NIfTI 4D
Выберите временную точку, чтобы обновить отображаемый объём. Дополнительный график изменения сигнала отслеживает исходный воксель у перекрестия и использует временной шаг, указанный в файле, если он доступен. Нажатие на график или перемещение по нему выбирает кадр. Это инструмент просмотра, а не анализа фМРТ и не средство усреднения по ROI.
Кратко об ориентации
В заголовке NIfTI хранится соответствие между индексами вокселей и координатами пациента (матрицы qform и sform). Если просмотрщик игнорирует эти матрицы, объём отображается зеркально или повёрнутым. Ossidex применяет сохранённое преобразование и соответствующим образом обозначает направления (лево/право, переднее/заднее, верхнее/нижнее).
Ограничения
Поддерживаются совместимые скалярные однофайловые форматы NIfTI-1/2; отображаются не все типы компонентов и результаты исследований. Ограничение на импортированный после распаковки файл NIfTI — 512 МиБ. Обычно NIfTI содержит меньше клинических метаданных, чем DICOM, поэтому в качестве названия исследования используется имя файла. Для просмотра собственных исследований в MPR, 3D и нескольких панелях требуется Pro; см. раздел «Бесплатная версия и Pro». Приложение не преобразует NIfTI обратно в DICOM.
Часто задаваемые вопросы
Можно ли просматривать сегментацию из 3D Slicer или nnU-Net?
Да, если она экспортирована как поддерживаемая карта меток NIfTI-1/2 с точными целочисленными идентификаторами от 0 до 4095. Импортируйте также эталонное изображение и убедитесь, что файлы уже выровнены в пространстве; Ossidex не выполняет регистрацию или сегментацию за вас.
NIfTI лучше, чем DICOM?
Эти форматы предназначены для разных задач: DICOM — клинический стандарт с полными метаданными, а NIfTI — компактный исследовательский формат.
Можно ли выполнять измерения на объёмах NIfTI?
Да. На срезах и плоскостях MPR расстояния рассчитываются в миллиметрах по размеру вокселя, указанному в заголовке NIfTI.
Где взять файлы NIfTI из DICOM?
Исследовательские инструменты, например dcm2niix, преобразуют серии DICOM в NIfTI. Для клинического просмотра преобразование не требуется — Ossidex открывает исходные файлы DICOM.
Можно ли преобразовать NIfTI обратно в DICOM в Ossidex?
Нет. Ossidex открывает NIfTI для просмотра и экспортирует изображения или PDF, но не DICOM.
Нужно ли сначала распаковывать .nii.gz?
Нет. Сжатые gzip-файлы NIfTI открываются напрямую.
Источники
Related pages
Поддерживаемые форматы: DICOM, NIfTI, изображения, модели и архивы
Ossidex на iPhone и iPad: КТ, МРТ, КЛКТ и УЗИ в формате DICOM, NIfTI-1/2, изображения, PDF, модели STL/PLY/OBJ и архивы ZIP, RAR, 7z, ISO.
МПР и 3D-реконструкция на iPhone и iPad
МПР со связанными перекрестиями, наклонными плоскостями и MIP слоя, а также 3D-визуализация объёма с предустановками и отсечением для КТ, КЛКТ и МРТ.
Просмотр МРТ на телефоне
Смотрите МРТ на iPhone и iPad в Ossidex: импортируйте с диска или по ссылке, изучайте серии T1, T2 и FLAIR, связывайте окна и настраивайте контраст.
Радиологам
Быстрый просмотр КТ и МРТ вне рабочей станции, доступ к PACS через DICOMweb, MPR и 3D.