Посібник із формату
Переглядач NIfTI для iPhone та iPad: відкривайте файли .nii та .nii.gz
Ossidex відкриває однофайлові об’єми NIfTI-1 і NIfTI-2 (.nii та стиснені gzip файли .nii.gz) на iPhone та iPad. Переглядайте МРТ або інші скалярні об’єми в 2D, MPR і 3D, вибирайте часові точки в сумісних файлах 4D та досліджуйте карти міток або неперервні накладення на площинах 2D/MPR. Застосунок використовує збережене просторове перетворення; сітки зі зсувною деформацією передискретизуються під час імпорту. Ці інструменти NIfTI доступні в застосунку, а не в браузерному переглядачі.
Що таке NIfTI
NIfTI (Neuroimaging Informatics Technology Initiative) — дослідницький формат для об’ємних даних, широко використовуваний у нейровізуалізації та процесах машинного навчання (наприклад, для результатів сегментації). На відміну від DICOM, один файл .nii містить увесь об’єм і компактний заголовок із розміром та орієнтацією вокселів, але мало відомостей про пацієнта чи сканер.
Підтримувані можливості
| Функція | Статус |
|---|---|
| Однофайлові NIfTI-1 і NIfTI-2 .nii / .nii.gz | Так |
| Орієнтація зі sform/qform | Застосовується; сітки зі зсувною деформацією передискретизуються |
| Скалярні часові ряди 4D | Вибір кадру та часовий графік для вокселя під перехрестям |
| Карти міток / маски | Точні цілочислові ідентифікатори 0–4095; видимість окремих сегментів |
| Неперервні накладення зі значеннями з рухомою комою | Колірні карти, непрозорість і пороги |
| Розміщення накладень | До двох вибраних шарів на площинах 2D/MPR; джерела вже мають бути просторово суміщені |
Відкриття файлу NIfTI
- Збережіть файл. Помістіть .nii або .nii.gz (і всі файли масок) у «Файли» або поділіться посиланням.
- Імпортуйте. Натисніть + → «Файли» в Ossidex і виберіть файли.
- Перегляньте. Відкрийте об’єм, виберіть часову точку, якщо вона є, і додайте сумісну просторово суміщену маску або карту на панелі шарів.
Коротке порівняння NIfTI та DICOM
| DICOM | NIfTI-1 / NIfTI-2 | |
|---|---|---|
| Типове використання | Клінічна візуалізація та архівування | Наукові дослідження, аналіз, процеси ШІ |
| Файлів на об’єм | Часто один на зріз | Один файл (.nii або .nii.gz) |
| Метадані пацієнта та дослідження | Докладні | Мінімальні |
| Орієнтація | Теги положення/орієнтації для кожного зображення | Матриці qform/sform |
| Сегментації | DICOM SEG, RTSTRUCT | Об’єми карт міток |
Переглядачі NIfTI за платформами
| Переглядач | Платформа | Ціна | Найкраще підходить для |
|---|---|---|---|
| MRIcroGL | Windows, macOS, Linux | Безкоштовно | Швидкого перегляду та рендерингу дослідницьких об’ємів |
| ITK-SNAP | Windows, macOS, Linux | Безкоштовно, з відкритим кодом | Ручної та напівавтоматичної сегментації |
| 3D Slicer | Windows, macOS, Linux | Безкоштовно, з відкритим кодом | Сегментації, просторового суміщення та аналізу |
| FSLeyes | macOS, Linux (частина FSL) | Безкоштовно для некомерційного використання | Результатів аналізу нейровізуалізації |
| NiiVue / Papaya | Веббраузер | Безкоштовно, з відкритим кодом | Перегляду в браузері без встановлення |
| Ossidex | iPhone, iPad | Безкоштовне завантаження; Pro для MPR і 3D | Перегляду об’ємів і масок на телефоні або планшеті |
Для аналізу й надалі варто використовувати дослідницькі інструменти на комп’ютері; Ossidex призначений для перегляду об’єму або сегментації без комп’ютера.
Покрокове відкриття NIfTI на iPad
- Зберіть файли. Помістіть об’єм зображення та його файли масок в одну папку у «Файлах» або запакуйте їх у ZIP.
- Імпортуйте папку. Натисніть + → «Файли» в Ossidex і виберіть папку або ZIP.
- Виберіть шар. На панелі шарів виберіть маску або неперервну карту та підтвердьте просторове суміщення. Увімкніть або вимкніть сегменти чи налаштуйте непрозорість і пороги карти.
Типові джерела NIfTI
| Джерело | Приклад |
|---|---|
| Наукові дослідження нейровізуалізації | МРТ головного мозку, перетворена з DICOM за допомогою dcm2niix |
| Інструменти сегментації | Карти міток із 3D Slicer, ITK-SNAP або nnU-Net |
| Загальнодоступні набори даних | Набори даних для змагань і відкриті дослідницькі колекції |
| Процеси ШІ | Результати моделей, збережені як маски поруч із вхідним об’ємом |
Маски та неперервні карти як шари
Імпортуйте об’єм зображення разом із уже просторово суміщеною маскою або картою. Шари міток зберігають точні цілочислові ідентифікатори від 0 до 4095; фон 0 прозорий, а видимість можна задавати для кожного сегмента. Для неперервних карт доступні налаштування кольору, непрозорості та порогів. На площинах 2D/MPR можна вибрати до двох шарів; шари не відображаються в режимах товстого шару/MIP або об’ємного рендерингу. Ossidex не виконує автоматичного просторового суміщення чи сегментації.
Часові ряди NIfTI 4D
Виберіть часову точку, щоб оновити відображуваний об’єм. Необов’язковий часовий графік відстежує вихідний воксель під перехрестям і використовує часовий інтервал із файлу, якщо він доступний. Натискання або проведення по графіку вибирає кадр. Це інструмент перегляду, а не засіб аналізу фМРТ чи усереднення за областю інтересу (ROI).
Коротко про орієнтацію
Заголовок NIfTI зберігає відповідність індексів вокселів простору пацієнта (матриці qform і sform). Переглядачі, які їх ігнорують, показують об’єм дзеркально відображеним або повернутим. Ossidex застосовує збережене перетворення та відповідно позначає напрямки (ліворуч/праворуч, спереду/ззаду, зверху/знизу).
Обмеження
Підтримуються сумісні скалярні однофайлові NIfTI-1/2; не всі типи компонентів або результати наукових досліджень можна відобразити. Обмеження для імпорту NIfTI в розпакованому вигляді становить 512 MiB. NIfTI зазвичай містить менше клінічних метаданих, ніж DICOM, тому для досліджень використовується назва файлу. MPR, 3D і багатопанельний перегляд власних досліджень потребують Pro; див. Безкоштовна версія та Pro. Застосунок не перетворює NIfTI назад у DICOM.
Поширені запитання
Чи можна переглянути сегментацію з 3D Slicer або nnU-Net?
Так, якщо її експортовано як підтримувану карту міток NIfTI-1/2 із точними цілочисловими ідентифікаторами від 0 до 4095. Імпортуйте також опорне зображення та переконайтеся, що файли вже просторово суміщені; Ossidex не виконує їхнього просторового суміщення чи сегментації за вас.
Чи кращий NIfTI за DICOM?
Вони призначені для різних завдань: DICOM — клінічний стандарт із повними метаданими; NIfTI — компактний дослідницький формат.
Чи можна виконувати вимірювання на об’ємах NIfTI?
Так. Для вимірювання відстаней на зрізах і площинах MPR використовується розмір вокселя, збережений у заголовку NIfTI, у міліметрах.
Як отримати файли NIfTI з DICOM?
Дослідницькі інструменти, як-от dcm2niix, перетворюють серії DICOM у NIfTI. Для клінічного перегляду перетворення не потрібне — Ossidex відкриває вихідні файли DICOM.
Чи можна перетворити NIfTI назад у DICOM в Ossidex?
Ні. Ossidex відкриває NIfTI для перегляду та експортує зображення або PDF, а не DICOM.
Чи потрібно спочатку розпаковувати .nii.gz?
Ні. NIfTI, стиснений gzip, зчитується безпосередньо.
Джерела
Related pages
Підтримувані формати: DICOM, NIfTI, зображення, моделі й архіви
Ossidex на iPhone та iPad: КТ, МРТ, КЛКТ і УЗД у форматі DICOM, NIfTI-1/2, зображення, PDF, моделі STL/PLY/OBJ та архіви ZIP, RAR, 7z, ISO.
MPR і 3D-реконструкція на iPhone та iPad
MPR зі зв’язаними перехрестями, косими площинами й MIP зі змінною товщиною шару та 3D-візуалізація об’єму з пресетами й відсіканням для КТ, КЛКТ і МРТ.
Перегляд МРТ на телефоні
Переглядайте МРТ на iPhone чи iPad в Ossidex: імпорт із диска або посилання, серії T1, T2 і FLAIR, синхронізація вікон і налаштування контрасту.
Радіологам
Швидкий перегляд КТ і МРТ поза робочою станцією, доступ до PACS через DICOMweb, MPR і 3D.