Przewodnik po formacie
Przeglądarka NIfTI na iPhone’a i iPada: otwieranie plików .nii i .nii.gz
Ossidex otwiera jednoplikowe wolumeny NIfTI-1 i NIfTI-2 (.nii i skompresowane gzipem .nii.gz) na iPhonie i iPadzie. Wyświetlaj wolumeny MRI i inne wolumeny skalarne w 2D, MPR i 3D, wybieraj punkty czasowe w zgodnych plikach 4D oraz sprawdzaj mapy etykiet lub ciągłe nakładki na płaszczyznach 2D/MPR. Aplikacja korzysta z zapisanej transformacji przestrzennej; siatki z pochyleniem są ponownie próbkowane podczas importu. Przeglądarka w przeglądarce również otwiera zgodne wolumeny skalarne .nii i .nii.gz w 2D i MPR, a punkty czasowe 4D udostępnia jako osobne serie. Funkcje 3D, nakładki, wykresy zmian wartości wokseli w czasie i ponowne próbkowanie siatek z pochyleniem są dostępne wyłącznie w aplikacji.
rtAttenPenn · Zenodo 3873446 · CC BY 4.0Czym jest NIfTI
NIfTI (Neuroimaging Informatics Technology Initiative) to format badawczy do przechowywania danych wolumetrycznych, szeroko stosowany w neuroobrazowaniu i procesach uczenia maszynowego (na przykład do zapisywania wyników segmentacji). W odróżnieniu od DICOM jeden plik .nii zawiera cały wolumen i zwięzły nagłówek z rozmiarem wokseli oraz orientacją, ale niewiele szczegółowych informacji o pacjencie i skanerze.
Obsługiwane
| Funkcja | Status |
|---|---|
| Jednoplikowe NIfTI-1 i NIfTI-2 .nii / .nii.gz | Tak |
| Orientacja na podstawie sform/qform | Stosowana; siatki z pochyleniem są ponownie próbkowane |
| Skalarne szeregi czasowe 4D | Wybór klatki i wykres zmian wartości wokseli w czasie dla woksela wskazanego krzyżykiem |
| Mapy etykiet / maski | Dokładne identyfikatory całkowite 0–4095; widoczność poszczególnych segmentów |
| Ciągłe nakładki zmiennoprzecinkowe | Mapy kolorów, krycie i progi |
| Położenie nakładek | Do dwóch wybranych warstw na płaszczyznach 2D/MPR; źródła muszą być już wyrównane przestrzennie |
Otwieranie pliku NIfTI
- Zapisz plik. Umieść plik .nii lub .nii.gz (oraz ewentualne pliki masek) w aplikacji Pliki albo udostępnij łącze.
- Importuj. W Ossidex stuknij + → Pliki i wybierz pliki.
- Wyświetl. Otwórz wolumen, wybierz punkt czasowy, jeśli jest dostępny, a następnie dodaj zgodną, wyrównaną maskę lub mapę w panelu warstw.
NIfTI a DICOM — porównanie
| DICOM | NIfTI-1 / NIfTI-2 | |
|---|---|---|
| Typowe zastosowanie | Obrazowanie kliniczne i archiwizacja | Badania naukowe, analiza, procesy AI |
| Liczba plików na wolumen | Często jeden na każdy przekrój | Jeden plik (.nii lub .nii.gz) |
| Metadane pacjenta i badania | Obszerne | Ograniczone |
| Orientacja | Znaczniki położenia/orientacji każdego obrazu | Macierze qform/sform |
| Segmentacje | DICOM SEG, RTSTRUCT | Wolumeny z mapą etykiet |
Przeglądarki NIfTI na różnych platformach
| Przeglądarka | Platforma | Cena | Najlepsze zastosowanie |
|---|---|---|---|
| MRIcroGL | Windows, macOS, Linux | Bezpłatnie | Szybkie przeglądanie i renderowanie wolumenów badawczych |
| ITK-SNAP | Windows, macOS, Linux | Bezpłatne, otwarte oprogramowanie | Ręczna i półautomatyczna segmentacja |
| 3D Slicer | Windows, macOS, Linux | Bezpłatne, otwarte oprogramowanie | Segmentacja, rejestracja i analiza |
| FSLeyes | macOS, Linux (część FSL) | Bezpłatnie do użytku niekomercyjnego | Wyniki analizy neuroobrazowania |
| NiiVue / Papaya | Przeglądarka internetowa | Bezpłatne, otwarte oprogramowanie | Przeglądanie w przeglądarce bez instalacji |
| Ossidex | iPhone, iPad | Wbudowane przykłady; warunki App Store | Przeglądanie wolumenów i masek na telefonie lub tablecie |
Komputerowe narzędzia badawcze pozostają właściwym wyborem do analizy; Ossidex służy do przeglądania wolumenu lub segmentacji poza komputerem.
Otwieranie plików NIfTI na iPadzie — instrukcja krok po kroku
- Zbierz pliki. Umieść wolumen obrazu i pliki masek w jednym folderze w aplikacji Pliki albo spakuj je do pliku ZIP.
- Importuj folder. W Ossidex stuknij + → Pliki i wybierz folder lub plik ZIP.
- Wybierz warstwę. W panelu warstw wybierz maskę lub mapę ciągłą i potwierdź wyrównanie przestrzenne. Włączaj lub wyłączaj widoczność segmentów albo dostosuj krycie i progi mapy.
Typowe źródła plików NIfTI
| Źródło | Przykład |
|---|---|
| Badania neuroobrazowe | MRI mózgu przekonwertowane z DICOM za pomocą dcm2niix |
| Narzędzia do segmentacji | Mapy etykiet z 3D Slicer, ITK-SNAP lub nnU-Net |
| Publiczne zbiory danych | Zbiory danych z konkursów i otwarte kolekcje badawcze |
| Procesy AI | Wyniki modeli zapisane jako maski obok wolumenu wejściowego |
Maski i mapy ciągłe jako warstwy
Zaimportuj wolumen obrazu wraz z już wyrównaną maską lub mapą. Warstwy etykiet zachowują dokładne identyfikatory całkowite od 0 do 4095, a tło 0 jest przezroczyste; można też sterować widocznością poszczególnych segmentów. W przypadku map ciągłych można regulować kolory, krycie i progi. Na płaszczyznach 2D/MPR można wybrać maksymalnie dwie warstwy; warstwy nie są wyświetlane w trybie slab/MIP ani podczas renderowania wolumenu. Ossidex nie wykonuje automatycznej rejestracji ani segmentacji.
Szeregi czasowe NIfTI 4D
Wybierz punkt czasowy, aby zaktualizować wyświetlany wolumen. Opcjonalny wykres zmian wartości w czasie śledzi wartości oryginalnego woksela wskazanego krzyżykiem i korzysta z odstępu czasowego podanego w pliku, jeśli jest dostępny. Stuknięcie wykresu lub przesunięcie palcem po nim powoduje wybór klatki. To narzędzie do przeglądania, a nie do analizy fMRI ani obliczania średniej dla ROI.
Krótko o orientacji
Nagłówek NIfTI przechowuje sposób odwzorowania indeksów wokseli na przestrzeń pacjenta (macierze qform i sform). Przeglądarki, które ignorują te informacje, wyświetlają wolumen jako odbity lub obrócony. Ossidex stosuje zapisaną transformację i odpowiednio oznacza kierunki (lewo/prawo, przód/tył, góra/dół).
Ograniczenia
Obsługiwane są zgodne, skalarne, jednoplikowe pliki NIfTI-1/2; nie każdy typ składowej ani wynik badawczy można wyświetlić. Limit importu rozszerzonego NIfTI wynosi 512 MiB. Pliki NIfTI zwykle zawierają mniej metadanych klinicznych niż DICOM, dlatego badania są identyfikowane na podstawie nazwy pliku. Korzystanie z MPR, 3D i widoku wielopanelowego własnych badań wymaga wersji Pro; zobacz Wersja bezpłatna i Pro. Aplikacja nie konwertuje plików NIfTI z powrotem do DICOM.
Często zadawane pytania
Czy mogę wyświetlić segmentację z 3D Slicer lub nnU-Net?
Tak, jeśli została wyeksportowana jako obsługiwana mapa etykiet NIfTI-1/2 z dokładnymi identyfikatorami całkowitymi od 0 do 4095. Zaimportuj również obraz referencyjny i potwierdź, że pliki są już wyrównane przestrzennie; Ossidex nie wykonuje rejestracji ani segmentacji.
Czy NIfTI jest lepszy od DICOM?
Służą różnym celom: DICOM to standard kliniczny zawierający pełne metadane, a NIfTI to zwięzły format badawczy.
Czy mogę wykonywać pomiary na wolumenach NIfTI?
Tak. Odległości na przekrojach i płaszczyznach MPR są obliczane w milimetrach na podstawie rozmiaru wokseli zapisanego w nagłówku NIfTI.
Skąd wziąć pliki NIfTI utworzone z DICOM?
Narzędzia badawcze, takie jak dcm2niix, konwertują serie DICOM do formatu NIfTI. Do przeglądania klinicznego konwersja nie jest potrzebna — Ossidex otwiera oryginalne pliki DICOM.
Czy mogę przekonwertować NIfTI z powrotem do DICOM w Ossidex?
Nie. Ossidex otwiera pliki NIfTI do przeglądania i eksportuje obrazy lub pliki PDF, ale nie pliki DICOM.
Czy plik .nii.gz trzeba najpierw rozpakować?
Nie. Skompresowane gzipem pliki NIfTI są odczytywane bezpośrednio.
Źródła
Related pages
Obsługiwane formaty: DICOM, NIfTI, obrazy, modele i archiwa
Formaty obsługiwane przez Ossidex na iPhonie i iPadzie: DICOM z TK, MRI, CBCT i USG, NIfTI-1/2, obrazy, PDF, modele STL/PLY/OBJ oraz archiwa ZIP, RAR, 7z, ISO.
Rekonstrukcja MPR i wizualizacja 3D na iPhonie i iPadzie
Rekonstrukcje wielopłaszczyznowe, krzyżyki, płaszczyzny ukośne, MIP o regulowanej grubości warstwy, wizualizacja wolumenu 3D i przycinanie — TK, CBCT, MRI.
Oglądaj MRI w telefonie
Poznaj demo MRI mózgu w Ossidex 2.0 i otwórz własne badanie. Dowiedz się, czym są serie i MPR oraz czego obrazy nie wyjaśnią.
Radiolodzy
Szybki podgląd TK i MRI poza stacją diagnostyczną, PACS przez DICOMweb, MPR i 3D.